Η Επιστημονική Επιτροπή πρότεινε ένα πλέγμα ερευνών που λαμβάνουν υπόψη το αρχειακό υλικό που απόκειται στους συνεργαζόμενους φορείς και που, κατά τη διάρκεια του προγράμματος, εκπονήθηκαν κυρίως από νέους επιστήμονες και είχαν ως άξονες:
Τον Χώρο: «Το οικιστικό πλέγμα της Πελοποννήσου στα χρόνια της Επανάστασης» (Εθνικό Ίδρυμα Ερευνών)
Το Κράτος: «Νόμος και Τάξη στα χρόνια της ελληνικής Επανάστασης: Τα Αρχεία των Υπουργείων Δικαίου (1822-1827) και Αστυνομίας (1822-1826)» (Πανεπιστήμιο Αθηνών)
Τον Κόσμο: «Η επανάσταση στα πολλαπλά της πλαίσια: Οθωμανικό, Μεσογειακό, Ευρωπαϊκό/Ρωσικό, Παγκόσμιο» (Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών)
Την ιστορική κουλτούρα: «Ζωγραφίζοντας τον ήρωα: Το Εικοσιένα κι η νεοελληνική οπτική ιστορική κουλτούρα (ύστερος 19ος – πρώιμος 21ος αιώνας)» (Πανεπιστήμιο Θεσσαλίας)
Την καθημερινή ζωή: «Όψεις της καθημερινής ζωής κατά την Ελληνική Επανάσταση (1821-1832)» (Πανεπιστήμιο Κρήτης)
Τα Αντικείμενα: «Η ενδυμασία στην περιοχή του ελλαδικού χώρου στα πρόθυρα της επανάστασης του ’21» (Ανώτατη Σχολή Καλών Τεχνών)
Τη Μουσική: «Τα τραγούδια και η μουσική του Αγώνα» (Κέντρο Ελληνικής Μουσικής Φοίβος Ανωγειανάκης)
Υλικότητες και Μνήμη: «Ιστορίες, χώροι και κληρονομιές στη μετάβαση από την Οθωμανική Αυτοκρατορία στο Ελληνικό Κράτος – Ιστορίες του χώρου κατά την Ελληνική Επανάσταση» (Πανεπιστήμο Κρήτης και Πανεπιστήμιο Αθηνών)
