Ένα τέτοιο έργο δεν μπορεί να γίνει αποκλειστικά από έναν φορέα, γι’ αυτό και το ΚΕΑΕ για την υλοποίηση του Προγράμματος συνεργάστηκε με τους παρακάτω φορείς:
Η συνεργασία με τους αρχειακούς φορείς ακολούθησε τα παρακάτω βήματα: α) επιτόπια επίσκεψη της Επιστημονικής Επιτροπής, προκειμένου να αποφασίσει, από κοινού με τον εκάστοτε φορέα, ποιο αρχειακό υλικό θα ψηφιοποιηθεί, β) σε κοινές συνεδριάσεις των αρχειονόμων των συνεργαζόμενων φορέων συζητήθηκαν οι όροι και οι τρόποι εισαγωγής του αρχειακού υλικού στη βάση, η τεκμηρίωση και ο προσδιορισμός των μεταδεδομένων. Σε αυτό το σημείο, θα πρέπει να υπογραμμίσουμε ότι στόχος του Προγράμματος δεν είναι η πλήρης ψηφιοποίηση του υπάρχοντος περί το 1821 υλικού, αλλά η ψηφιοποίηση και η επεξεργασία νέου υλικού με στόχο την υποδειγματική οργάνωσή του σε ψηφιακή μορφή και την ελεύθερη πρόσβαση των επισκεπτών σε αυτό. Μια παράλληλη και εξίσου σημαντική εργασία είναι η συγκρότηση σχολιασμένων καταλόγων με το υλικό που κάθε φορέας διαθέτει για το 1821. Έτσι, με το τέλος του Προγράμματος το Ψηφιακό Αρχείο 1821 θα προσφέρει στο κοινό έναν σχετικά πλήρη κατάλογο με το αρχειακό υλικό των κεντρικών αρχειακών φορέων της χώρας.
